Fakulti ini pada asalnya bermula sebagai School of Actuarial Science, Statistics, Matematik, Econometries and Cybernetics, dalam 1966 di Institut Teknologi MARA (ITM) Jalan kampus Othman, Petaling Jaya. Pelajar dengan pencapaian terbaik di dalam matapelajaran Matematik telah ditawarkan untuk mengambil salah satu daripada dua program yang ditawarkan sebagai persediaan untuk peperiksaan oleh Institute of Statisticians dan Institute of Actuaries, United Kingdom.

Dalam 1969, fakulti mengambil satu langkah berani dalam memperkenalkan Diploma Sains Komputer, satu program dalaman. Kemudian, ia berpindah ke kampus baru dan lebih besar di Shah Alam dalam 1970. Selepas tahun 1974, ia dinamakan semula sebagai School of Mathematical Sciences and Computing. Program-program luar beransur-ansur digantikan oleh program diploma dalaman. Pelajar berpeluang bagi melanjutkan kajian mereka apabila Advanced Diploma in Statistics telah diperkenalkan dalam 1980 , dan juga penawaran satu ijazah bersama memprogramkan dengan Universiti Kebangsaan Malaysia dalam 1985.

Dengan penawaran kursus berkenaan, graduat akan dianugerahkan Ijazah Sarjana Muda Sains Komputer (Kepujian) (ITM-UKM). Seiring dengan pembangunan negara dan permintaan yang tingi terhadap graduan Sains Komputer, beberapa cawangan UiTM telah menawarkan program ini termasuk Pahang, Perak dan Terengganu. Ini diikuti oleh Sarawak dan Negeri Sembilan.

Kampus Raub merupakan kampus terbaru bagi FSKM. Terdapat dua program yang dijalankan di sini iaitu, program Diploma Sains Komputer (CS110) dan Diploma Statistik (CS111).